Umbenennungen
In dem ab 1949 entstehenden Staatsgebilde der DDR wird in der künftigen Konzeption des Museums eine neue Orientierung spürbar. Der traditionelle Schwerpunkt der naturräumlichen Darstellung des Leipziger Regierungsbezirks wird weiterhin angestrebt und thematisch ausgebaut. (z. B. Braunkohle)
Ein neuer Zielpunkt in den Ausstellungsinhalten, insbesondere ab den 60-er Jahren, bedeutet diese Ausrichtung allgemeine Themen der Naturwissenschaften zu vermitteln, wobei mit dem Schwerpunkt die Dokumentation neuester Erkenntnisse angestrebt wird. Damit ist auch die Namensänderung zum "Naturwissenschaftlichen Museum" im Jahr 1961 zu erklären.
Nach einer fast zwei jährigen Schließung kann das Museum am 1. Mai 1987 wieder seine Pforten öffnen. Grund dafür waren Untersuchungen zur Bausicherheit. Der Wiedereröffnungstag steht im Zeichen zweier Jubiläen. Vor 150 Jahren wurde die II. Höhere Bürgerschule, worin sich das Museum befindet, erbaut. Zudem sind 75 Jahre vergangen seit der Eröffnung der Dauerausstellung des "Naturkundlichen Heimatmuseums" im Gebäude der Dauernden Gewerbeausstellung am Tröndlinring.
Mit diesem Anlass verbunden ist auch eine erneute Umbenennung des Museums. In großen Lettern sichtbar steht nun der neue Name "Naturkundemuseum" über dem Haupteingang. Das noch bis heute gebräuchliche Logo mit der Eule wird geboren.
Mit dem neuen Logo erscheint erstmals die Publikationsreihe: Veröffentlichungen Naturkundemuseum Leipzig.