Neue Wege - Standortfrage seit 1996
Eine einscheidende Zäsur in der Geschichte des Museums beginnt kurz nach der politischen Wende. Die Lösung konzeptioneller Fragen der künftigen Entwicklung des Naturkundemuseums treten in den Mittelpunkt der Diskussion.
Die über längere Zeiträume erfolgten Änderungen in der thematischen Gesamtausrichtung des Museums vom "Naturkundlichen Heimatmuseum" über das "Naturwissenschaftliche Museum" bis zum "Naturkundemuseum" und die damit verbundenen Neugestaltungen und Änderungen der Raumfunktionalitäten haben für die weitere Entwicklung des Museums am jetzigen Standort in seiner Gesamtinfrastruktur sehr nachteilige Spuren hinterlassen.
1996 wird ein Umbauprojekt vorgestellt, welches eine Erweiterung des Museums im Vorfeld aufzeigt. Die Stadtverwaltung äußerte sich positiv dazu, jedoch mit der Bemerkung, dass zu diesem Projekt noch Alternativen zu suchen seien, wenn möglich auch ein anderer Museumsstandort. Allerdings wurde dieses erste Konzept aus Kostengründen verworfen.
In der Folgezeit wurden das Gasometer der Stadtwerke Leipzig GmbH, die Industriebrache am Zoogelände und die Kongresshalle als neue Standorte für das Museum geprüft. Keine dieser Varianten wurde weiter verfolgt.
Nach einer erfolgreichen Vorprüfung erstellt das Hochbauamt eine Studie zur Unterbringung von Verwaltung, Werkstätten und Magazinen des Naturkundemuseums im Gebäude der Mittelschule Martinstraße. Im Jahr 2003 wurde auch dieses Vorhaben wegen zu hoher Kosten ausgeschlossen. Der Entwurf für eine Erweiterung bzw. Umgestaltung des Hauses Pfaffendorfer Straße 1 durch Ergänzung eines Zwischenbaus wurde von der Verwaltung abgelehnt.